Das Schutzgebietssystem Natura 2000 steht für eine europaweites Netz von Gebieten gemäß der FFH-Richtlinie (Fauna-Flora-Habitat, seit 1992) und der EU-Vogelschutzrichtlinie (seit 2009). Es geht dabei um den Schutz natürlicher und naturnaher Lebensräume sowie gefährdeter Tier- und Pflanzenarten.

Das EU-Vogelschutzgebiet umfasst nahezu den gesamten Polderbereich inklusive der Geschiebesperre und des NSG „Wasservogelreservat Northeimer Seenplatte“. Es wurde 2001 als EU-Vogelschutzgebiet „Leinetal bei Salzderhelden“ ausgewiesen  und besteht seit 2002. Seine Fläche beträgt 1.130 ha. Wertbestimmende Arten sind vor allem Tüpfelsumpfhuhn und Wachtelkönig. Daneben werden als weitere Arten Kampfläufer, Kranich, Trauerseeschwalbe sowie als Brutvögel Knäkente, Schnatterente und Wasserralle genannt.

Das EU-Vogelschutzgebiet umfasst insgesamt drei Naturschutzgebiete:

• Das Naturschutzgebiet „Polder I im Hochwasserrückhaltebecken Salzderhelden“ (seit 1995), Fläche: 523 ha
• Naturschutzgebiet „Leineniederung“ (seit 2008), Fläche: 497 ha
• Naturschutzgebiet „Wasservogelreservat Northeimer Seenplatte" (seit 1984), Fläche: 80 ha. Dieses NSG gehört zwar nicht unmittelbar zum Polder, bildet mit diesem zusammen aber das EU-Vogelschutzgebiet V08 und ist funktionell als Brut-, Rast- und Nahrungsgebiet von Vögeln mit den Poldern untrennbar verbunden.

Weitere Informationen finden Sie online auf den Seiten des NLWKN.